Python PipelineMappingQC.buildPicardGCStats方法代码示例

本文整理汇总了Python中CGATPipelines.PipelineMappingQC.buildPicardGCStats方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python PipelineMappingQC.buildPicardGCStats方法的具体用法？Python PipelineMappingQC.buildPicardGCStats怎么用？Python PipelineMappingQC.buildPicardGCStats使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类CGATPipelines.PipelineMappingQC的用法示例。

在下文中一共展示了PipelineMappingQC.buildPicardGCStats方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: buildPicardGCStats

# 需要导入模块: from CGATPipelines import PipelineMappingQC [as 别名]
# 或者: from CGATPipelines.PipelineMappingQC import buildPicardGCStats [as 别名]
def buildPicardGCStats(infile, outfile):
    '''Gather BAM file GC bias stats using Picard '''
    PipelineMappingQC.buildPicardGCStats(infile, outfile,
                                         os.path.join(PARAMS["bwa_index_dir"],
                                                      PARAMS["genome"] + ".fa"))

注：本文中的CGATPipelines.PipelineMappingQC.buildPicardGCStats方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。