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Python SffWriter._flow_chars方法代码示例

本文整理汇总了Python中Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter._flow_chars方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python SffWriter._flow_chars方法的具体用法?Python SffWriter._flow_chars怎么用?Python SffWriter._flow_chars使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter的用法示例。


在下文中一共展示了SffWriter._flow_chars方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: list

# 需要导入模块: from Bio.SeqIO.SffIO import SffWriter [as 别名]
# 或者: from Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter import _flow_chars [as 别名]
 records = list(SffIterator(
     open("Roche/E3MFGYR02_random_10_reads.sff", "rb")))
 out_handle = open(
     "Roche/E3MFGYR02_alt_index_at_start.sff", "w")
 index = ".diy1.00This is a fake index block (DIY = Do It Yourself), which is allowed under the SFF standard.\0"
 padding = len(index) % 8
 if padding:
     padding = 8 - padding
 index += chr(0) * padding
 w = SffWriter(out_handle, index=False, xml=None)
 # Fake the header...
 w._number_of_reads = len(records)
 w._index_start = 0
 w._index_length = 0
 w._key_sequence = records[0].annotations["flow_key"]
 w._flow_chars = records[0].annotations["flow_chars"]
 w._number_of_flows_per_read = len(w._flow_chars)
 w.write_header()
 w._index_start = out_handle.tell()
 w._index_length = len(index)
 out_handle.seek(0)
 w.write_header()  # this time with index info
 w.handle.write(index)
 for record in records:
     w.write_record(record)
 out_handle.close()
 records2 = list(SffIterator(
     open("Roche/E3MFGYR02_alt_index_at_start.sff", "rb")))
 for old, new in zip(records, records2):
     assert str(old.seq) == str(new.seq)
 i = list(_sff_do_slow_index(
开发者ID:BioGeek,项目名称:biopython,代码行数:33,代码来源:test_SffIO.py


注:本文中的Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter._flow_chars方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。