本文整理汇总了Python中Bio.SeqFeature.SeqFeature.qualifiers[newName]方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python SeqFeature.qualifiers[newName]方法的具体用法？Python SeqFeature.qualifiers[newName]怎么用？Python SeqFeature.qualifiers[newName]使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Bio.SeqFeature.SeqFeature的用法示例。
在下文中一共展示了SeqFeature.qualifiers[newName]方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: convertReportToFeatures
# 需要导入模块: from Bio.SeqFeature import SeqFeature [as 别名]
# 或者: from Bio.SeqFeature.SeqFeature import qualifiers[newName] [as 别名]
def convertReportToFeatures(self,report,conversionMap,startTag,endTag,strandTag,qualTag="gene"):
'''
parse 2d hash into feature list
'''
result = []
for rowName in report.returnRowNames():
start = float(report.getElement(rowName,startTag))
end = float(report.getElement(rowName,endTag))
location = FeatureLocation(start,end)
strand = self._parseConversion(report.getElement(rowName,strandTag),conversionMap)
feature = SeqFeature(id = rowName,location=location,strand=strand)
feature.qualifiers[qualTag] = [rowName]
for colName in [rowName,report.returnColumnNames()]:
if colName in conversionMap.keys():
newName = conversionMap[colName]
value = report[colName]
feature.qualifiers[newName] = [value]
result.append(feature)
return result