本文整理汇总了Python中Bio.KDTree.KDTree.all_get_radii方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python KDTree.all_get_radii方法的具体用法？Python KDTree.all_get_radii怎么用？Python KDTree.all_get_radii使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Bio.KDTree.KDTree的用法示例。
在下文中一共展示了KDTree.all_get_radii方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_all_search
# 需要导入模块: from Bio.KDTree import KDTree [as 别名]
# 或者: from Bio.KDTree.KDTree import all_get_radii [as 别名]
def test_all_search(nr_points, dim, bucket_size, query_radius):
"""Test fixed neighbor search.
Search all point pairs that are within radius.
Arguments:
- nr_points: number of points used in test
- dim: dimension of coords
- bucket_size: nr of points per tree node
- query_radius: radius of search
Returns true if the test passes.
"""
kdt = KDTree(dim, bucket_size)
coords = random.random((nr_points, dim))
kdt.set_coords(coords)
kdt.all_search(query_radius)
indices = kdt.all_get_indices()
if indices is None:
l1 = 0
else:
l1 = len(indices)
radii = kdt.all_get_radii()
if radii is None:
l2 = 0
else:
l2 = len(radii)
if l1 == l2:
return True
else:
return False