本文整理汇总了Python中Bio.Align.Applications.MafftCommandline.maxiterate方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python MafftCommandline.maxiterate方法的具体用法？Python MafftCommandline.maxiterate怎么用？Python MafftCommandline.maxiterate使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Bio.Align.Applications.MafftCommandline的用法示例。
在下文中一共展示了MafftCommandline.maxiterate方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: mafft_align
# 需要导入模块: from Bio.Align.Applications import MafftCommandline [as 别名]
# 或者: from Bio.Align.Applications.MafftCommandline import maxiterate [as 别名]
def mafft_align(fa_path, afa_path):
"""Align amino acid FASTA file.
Takes amino-acid seqs from fa_path and writes aligned amino-acids
to afa_path.
"""
mafft_call = MafftCommandline(input = fa_path)
mafft_call.maxiterate = 1000
mafft_call.retree = 2
stdout, stderr = mafft_call()
open(afa_path, "w").write(stdout)
open("%s.err" % afa_path, 'w').write(stderr)