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Python NGS_Util.zipDirectory方法代码示例

本文整理汇总了Python中NGS_Util.zipDirectory方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python NGS_Util.zipDirectory方法的具体用法?Python NGS_Util.zipDirectory怎么用?Python NGS_Util.zipDirectory使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在NGS_Util的用法示例。


在下文中一共展示了NGS_Util.zipDirectory方法的3个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: moveGTGResults

# 需要导入模块: import NGS_Util [as 别名]
# 或者: from NGS_Util import zipDirectory [as 别名]
    def moveGTGResults(self):
    
        try:
                
            print "moveGTGResults"

            orgListFile_fh = open(self.orgListFile)


            NGS_Util.zipDirectory(self.orgGTGBlastResDir)

	    NGS_Util.moveDirectoryFiles(self.orgGTGBlastResDir,self.moveToDir_orgGTGBlastResDir)

            NGS_Util.zipDirectory(self.GTGBestHitsDir)

	    NGS_Util.moveDirectoryFiles(self.GTGBestHitsDir,self.moveToDir_GTGBestHitsDir)
	    
	    
	    for line in orgListFile_fh:

                organismNameID, organismName = line.strip().split()

		org_gtg_knn_final        = NGS_Util.createFilePath(self.GTGKNNDir, organismNameID + ".gtg.knn")
		moveto_org_gtg_knn_final = NGS_Util.createFilePath(self.moveToDir_GTGKNNDir, organismNameID + ".gtg.knn")

		self.moveFile_createLink(org_gtg_knn_final,moveto_org_gtg_knn_final)
		    

            orgListFile_fh.close() 
     
        except Exception:
            
            print traceback.print_exc()
开发者ID:SandraCastilloPriego,项目名称:CoReCo,代码行数:35,代码来源:MetabolicReconstructionPipeline_ClusterUtil.py

示例2: moveBLASTResults

# 需要导入模块: import NGS_Util [as 别名]
# 或者: from NGS_Util import zipDirectory [as 别名]
    def moveBLASTResults(self):
    
        try:
                
            print "moveBLASTResults"

            orgListFile_fh = open(self.orgListFile)

            NGS_Util.zipDirectory(self.orgBlastResDir)
	    
            NGS_Util.moveDirectoryFiles(self.orgBlastResDir,self.moveToDir_orgBlastResDir)


	    for line in orgListFile_fh:

                organismNameID, organismName = line.strip().split()

		orgRectifyBlast = NGS_Util.createFilePath(self.jointBlastDir, organismName + ".joint.blast")
		moveto_orgRectifyBlast = NGS_Util.createFilePath(self.moveToDir_jointBlastDir, organismName + ".joint.blast")

		self.moveFile_createLink(orgRectifyBlast,moveto_orgRectifyBlast)
		    

            orgListFile_fh.close() 
     
        except Exception:
            
            print traceback.print_exc()
开发者ID:SandraCastilloPriego,项目名称:CoReCo,代码行数:30,代码来源:MetabolicReconstructionPipeline_ClusterUtil.py

示例3: moveIPRScanResults

# 需要导入模块: import NGS_Util [as 别名]
# 或者: from NGS_Util import zipDirectory [as 别名]
    def moveIPRScanResults(self):
    
        try:
                
            print "moveIPRScanResults"

            orgListFile_fh = open(self.orgListFile)

            NGS_Util.zipDirectory(self.orgIPRScanDir)
	    NGS_Util.moveDirectoryFiles(self.orgIPRScanDir,self.moveToDir_orgIPRScanDir)

            for line in orgListFile_fh:

                organismNameID, organismName = line.strip().split()

		organism_raw_final        = NGS_Util.createFilePath(self.InterProScan_EC_RAW_results, organismName + ".faa.raw.txt")
		moveto_organism_raw_final = NGS_Util.createFilePath(self.moveToDir_InterProScan_EC_RAW_results, organismName + ".faa.raw.txt")

		self.moveFile_createLink(organism_raw_final,moveto_organism_raw_final)


		organism_IPR_final        = NGS_Util.createFilePath(self.InterProScan_EC_RAW_results, organismName + ".faa.IPR.final.txt")
		moveto_organism_IPR_final = NGS_Util.createFilePath(self.moveToDir_InterProScan_EC_RAW_results, organismName + ".faa.IPR.final.txt")
		
		self.moveFile_createLink(organism_IPR_final,moveto_organism_IPR_final)
		    

            orgListFile_fh.close() 
     
        except Exception:
            
            print traceback.print_exc()
            
        return ""
开发者ID:SandraCastilloPriego,项目名称:CoReCo,代码行数:36,代码来源:MetabolicReconstructionPipeline_ClusterUtil.py


注:本文中的NGS_Util.zipDirectory方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。