本文整理汇总了Python中IOTools.readSequence方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python IOTools.readSequence方法的具体用法？Python IOTools.readSequence怎么用？Python IOTools.readSequence使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类IOTools的用法示例。
在下文中一共展示了IOTools.readSequence方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: open
# 需要导入模块: import IOTools [as 别名]
# 或者: from IOTools import readSequence [as 别名]
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## retrieve structure
if options.filename_pdb:
infile = open(options.filename_pdb, "r")
pdb_lines = infile.readlines()
infile.close()
else:
pdb_lines = os.popen( param_retrieval_command % string.lower(param_pdb_id) ).readlines()
viewer = PdbTools.RasmolViewInline( pdb_lines, sys.stdout )
viewer.Command( "echo %s" % message)
if options.filename_fasta:
infile = open( options.filename_fasta, "r" )
description, reference_sequence = IOTools.readSequence( infile )
infile.close()
else:
reference_sequence = None
if DEBUG:
viewer.Command("echo cmdline: %s" % (string.join(sys.argv, " ")))
if not pdb_lines:
viewer.Command("echo error: structure not found in local database")
viewer.WriteScript()
sys.exit()
if reference_sequence:
map_pdb2seq, rmap_pdb2seq, rmap_seq2pdb, lstructure, first_residue, last_residue, sequence = PdbTools.buildMapPdb2Sequence( reference_sequence,