本文整理汇总了Python中Function.align方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Function.align方法的具体用法？Python Function.align怎么用？Python Function.align使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Function的用法示例。
在下文中一共展示了Function.align方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: _sim_matrix
# 需要导入模块: import Function [as 别名]
# 或者: from Function import align [as 别名]
def _sim_matrix(self, algts, D, gap):
"""
@summary: Calculates the similarity matrix for the set of alignments
@param algts: A list of alignments
@type algts: ListType
@param D: Retention time tolerance parameter for pairwise alignments
@type D: FloatType
@param gap: Gap parameter for pairwise alignments
@type gap: FloatType
@author: Woon Wai Keen
@author: Vladimir Likic
"""
n = len(algts)
total_n = n * (n - 1) / 2
print " Calculating pairwise alignments for %d alignments (D=%.2f, gap=%.2f)" % \
(n, D, gap)
sim_matrix = numpy.zeros((n,n), dtype='f')
for i in range(n - 1):
for j in range(i + 1, n):
ma = Function.align(algts[i], algts[j], D, gap)
sim_matrix[i,j] = sim_matrix[j,i] = ma.similarity
total_n = total_n - 1
print " -> %d pairs remaining" % total_n
return sim_matrix