本文整理汇总了Java中htsjdk.samtools.SAMFileHeader.addSequence方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Java SAMFileHeader.addSequence方法的具体用法？Java SAMFileHeader.addSequence怎么用？Java SAMFileHeader.addSequence使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类htsjdk.samtools.SAMFileHeader的用法示例。
在下文中一共展示了SAMFileHeader.addSequence方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。
示例1: transfer
import htsjdk.samtools.SAMFileHeader; //导入方法依赖的package包/类
public static SAMFileHeader transfer(SamHeaderInfo samHeaderInfo){
SAMFileHeader header = new SAMFileHeader();
// read groups
List<ReadGroupInfo> readGroupInfoList = CollectionConverter.asJavaList(samHeaderInfo.getReadGroupInfos());
List<SAMReadGroupRecord> samReadGroupRecords = readGroupInfoList.stream()
.map(SAMReadGroupRecordTransfer::transfer)
.collect(Collectors.toList());
header.setReadGroups(samReadGroupRecords);
// Sequence records
// TODO 获取id的方法不通用 fix me
int contigCount = samHeaderInfo.getRefContigInfo().getContigIds().size();
for(int id = 0; id < contigCount; id ++) {
header.addSequence(new SAMSequenceRecord(
samHeaderInfo.getRefContigInfo().getName(id),
samHeaderInfo.getRefContigInfo().getLength(id)));
}
if(samHeaderInfo.sorted()) {
header.setAttribute("SO", "coordinate");
}
return header;
}