本文整理汇总了Java中htsjdk.samtools.SAMFileHeader.SortOrder.coordinate方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Java SortOrder.coordinate方法的具体用法？Java SortOrder.coordinate怎么用？Java SortOrder.coordinate使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类htsjdk.samtools.SAMFileHeader.SortOrder的用法示例。
在下文中一共展示了SortOrder.coordinate方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。
示例1: doWork
import htsjdk.samtools.SAMFileHeader.SortOrder; //导入方法依赖的package包/类
@Override
public int doWork(List<String> args)
{
SamReader sfr=null;
try
{
sfr = super.openSamReader(oneFileOrNull(args));
if(sfr.getFileHeader().getSortOrder()!=SortOrder.coordinate)
{
LOG.error("BAM file is not sorted.");
return -1;
}
run(sfr);
return 0;
}
catch(Exception err)
{
LOG.error(err);
return -1;
}
finally
{
CloserUtil.close(sfr);
}
}
示例2: getExpectedSortOrder
import htsjdk.samtools.SAMFileHeader.SortOrder; //导入方法依赖的package包/类
/**
* Return the sort order this collect requires. Collector consumers will validate
* the expected sort order. If no specific sort order is required, return
* <code>SortOrder.unsorted</code>. Default implementation returns
* <code>SortOrder.coordinate</code>
* @return SortOrder required for this collector or <code>SortOrder.unsorted</code>
* to indicate any sort order is acceptable.
*/
default SortOrder getExpectedSortOrder() { return SortOrder.coordinate; }