本文整理汇总了Java中dr.evolution.alignment.SitePatterns.getPatternLength方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Java SitePatterns.getPatternLength方法的具体用法?Java SitePatterns.getPatternLength怎么用?Java SitePatterns.getPatternLength使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类dr.evolution.alignment.SitePatterns
的用法示例。
在下文中一共展示了SitePatterns.getPatternLength方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。
示例1: getScore
import dr.evolution.alignment.SitePatterns; //导入方法依赖的package包/类
public final double getScore(SitePatterns patterns) {
if (patterns.getPatternLength() != 2) throw new IllegalArgumentException();
double logL = 0.0;
for (int i = 0; i < patterns.getPatternCount(); i++) {
double weight = patterns.getPatternWeight(i);
int[] pattern = patterns.getPattern(i);
int x = pattern[0];
int y = pattern[1];
if (x < stateCount && y < stateCount) {
logL += getScore(x,y) * weight;
}
}
return logL;
}