本文整理汇总了Golang中github.com/biogo/biogo/alphabet.Alphabet.Gap方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Golang Alphabet.Gap方法的具体用法？Golang Alphabet.Gap怎么用？Golang Alphabet.Gap使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类github.com/biogo/biogo/alphabet.Alphabet的用法示例。
在下文中一共展示了Alphabet.Gap方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Golang代码示例。
示例1: Match
// Match generates a penalty matrix for a.
// Perfect matches have penalty match.
// Gaps have penalty gap.
// Everything else has penalty mismatch.
// For example, Match(alphabet.DNA, 0, 1, -1) generates the original Needleman-Wunsch penalty matrix.
func Match(a alphabet.Alphabet, gap, match, mismatch int) [][]int {
l := a.Len()
arr := make([]int, l*l)
g := a.IndexOf(a.Gap())
for i := 0; i < l; i++ {
for j := 0; j < l; j++ {
score := mismatch
switch {
case i == g, j == g:
score = gap
case i == j:
score = match
}
arr[i*l+j] = score
}
}
x := make([][]int, l)
for i := 0; i < l; i++ {
x[i] = arr[i*l : (i+1)*l]
}
return x
}