当前位置: 首页>>代码示例>>Golang>>正文


Golang Alphabet.Gap方法代码示例

本文整理汇总了Golang中github.com/biogo/biogo/alphabet.Alphabet.Gap方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Golang Alphabet.Gap方法的具体用法?Golang Alphabet.Gap怎么用?Golang Alphabet.Gap使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在github.com/biogo/biogo/alphabet.Alphabet的用法示例。


在下文中一共展示了Alphabet.Gap方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Golang代码示例。

示例1: Match

// Match generates a penalty matrix for a.
// Perfect matches have penalty match.
// Gaps have penalty gap.
// Everything else has penalty mismatch.
// For example, Match(alphabet.DNA, 0, 1, -1) generates the original Needleman-Wunsch penalty matrix.
func Match(a alphabet.Alphabet, gap, match, mismatch int) [][]int {
	l := a.Len()
	arr := make([]int, l*l)
	g := a.IndexOf(a.Gap())
	for i := 0; i < l; i++ {
		for j := 0; j < l; j++ {
			score := mismatch
			switch {
			case i == g, j == g:
				score = gap
			case i == j:
				score = match
			}
			arr[i*l+j] = score
		}
	}
	x := make([][]int, l)
	for i := 0; i < l; i++ {
		x[i] = arr[i*l : (i+1)*l]
	}
	return x
}
开发者ID:gordon,项目名称:biogo,代码行数:27,代码来源:generated.go


注:本文中的github.com/biogo/biogo/alphabet.Alphabet.Gap方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。