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C# Chain.CreateChainString方法代码示例

本文整理汇总了C#中Chain.CreateChainString方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C# Chain.CreateChainString方法的具体用法?C# Chain.CreateChainString怎么用?C# Chain.CreateChainString使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Chain的用法示例。


在下文中一共展示了Chain.CreateChainString方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C#代码示例。

示例1: CuttMoleculeToSEQ

        public Chain CuttMoleculeToSEQ(string seq,char selChain)
        {
            int start, end;
            foreach(var item in chains)
            {
                if(item.ChainIdentifier==selChain)
                {
                    StreamWriter er = new StreamWriter("query");
                    er.WriteLine(">test");
                    er.WriteLine(seq);
                    er.Close();
                    er = new StreamWriter("baza");
                    er.WriteLine(">baza");
                    er.WriteLine(item.chainSequence);
                    er.Close();
                    ProcessStartInfo startInfo = new ProcessStartInfo();
                    startInfo.FileName = "C:\\Blast\\bin\\formatdb.exe";
                    startInfo.Arguments = "-i baza -p T";
                    startInfo.ErrorDialog = false;
                    startInfo.RedirectStandardOutput = true;
                    startInfo.UseShellExecute = false;
                    startInfo.CreateNoWindow = true;
                    try
                    {
                        Process exeProcess = Process.Start(startInfo);

                        exeProcess.WaitForExit();
                        startInfo.FileName = "C:\\Blast\\bin\\blastpgp";
                        startInfo.Arguments = "-i query -j 1 -d baza -o align";
                        exeProcess = Process.Start(startInfo);
                        exeProcess.WaitForExit();
                    }
                    catch(Exception ex)
                    {
                        Console.WriteLine("UPS");
                        return null;
                    }
                    using (StreamReader rr = new StreamReader("align"))
                    {
                        string line = "";
                        while (line != null && !line.Contains("Sbjct:"))
                        {
                            line = rr.ReadLine();
                        }
                        if (line == null)
                            return null;
                        line = line.Replace("  ", " ");
                        string[] tmp = line.Split(' ');
                        start = Convert.ToInt32(tmp[1]);
                        end = Convert.ToInt32(tmp[tmp.Length-1]);
                        while (line != null)
                        {
                            line = rr.ReadLine();
                            if (line.Contains("Score") || line.Contains("Database"))
                                break;
                            if (line.Contains("Sbjct:"))
                            {
                                line = line.Replace("  ", " ");
                                tmp = line.Split(' ');
                                end = Convert.ToInt32(tmp[tmp.Length - 1]);
                            }
                        }

                    }
                    if (end - start > item.chainSequence.Length)
                        return null;

                    Chain c = new Chain(selChain);


                    c.residues=item.CuttChain(start - 1, end - 1);
                    c.ChainIdentifier = selChain;
                    c.CreateChainString();
                    //Console.WriteLine("seq="+seq + "\nend=" +item.chainSequence);
                    return c;
                   
                }
            }
            return null;
        }
开发者ID:uQlust,项目名称:uQlust-ver1.0,代码行数:80,代码来源:Molecule.cs


注:本文中的Chain.CreateChainString方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。