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C++ StringHash::Add方法代码示例

本文整理汇总了C++中StringHash::Add方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C++ StringHash::Add方法的具体用法?C++ StringHash::Add怎么用?C++ StringHash::Add使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在StringHash的用法示例。


在下文中一共展示了StringHash::Add方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。

示例1: main

int main(int argc, char ** argv)
{
    printf("glfMultiples -- SNP calls based on .glf or .glz files\n");
    printf("(c) 2008-2011 Goncalo Abecasis, Sebastian Zoellner, Yun Li\n\n");

    String pedfile;
    String positionfile;
    String callfile;
    String glfAliases;
    String glfPrefix;
    String glfSuffix;
    ParameterList pl;

    double posterior = 0.50;
    int    mapQuality = 0;
    int    minTotalDepth = 1;
    int    maxTotalDepth = INT_MAX;
    bool   verbose = false;
    bool   mapQualityStrict = false;
    bool   hardFilter = false;
    bool   smartFilter = false;
    bool   softFilter = true;
    bool   robustPrior = true;
    bool   uniformPrior = false;
    String xLabel("X"), yLabel("Y"), mitoLabel("MT");
    int    xStart = 2699520, xStop = 154931044;

    BEGIN_LONG_PARAMETERS(longParameters)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Pedigree File")
        LONG_STRINGPARAMETER("ped", &pedfile)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Map Quality Filter")
        LONG_INTPARAMETER("minMapQuality", &mapQuality)
        LONG_PARAMETER("strict", &mapQualityStrict)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Total Depth Filter")
        LONG_INTPARAMETER("minDepth", &minTotalDepth)
        LONG_INTPARAMETER("maxDepth", &maxTotalDepth)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Position Filter")
        LONG_STRINGPARAMETER("positionFile", &positionfile)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Chromosome Labels")
        LONG_STRINGPARAMETER("xChr", &xLabel)
        LONG_STRINGPARAMETER("yChr", &yLabel)
        LONG_STRINGPARAMETER("mito", &mitoLabel)
        LONG_INTPARAMETER("xStart", &xStart)
        LONG_INTPARAMETER("xStop", &xStop)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Filtering Options")
        EXCLUSIVE_PARAMETER("hardFilter", &hardFilter)
        EXCLUSIVE_PARAMETER("smartFilter", &smartFilter)
        EXCLUSIVE_PARAMETER("softFilter", &softFilter)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Prior Options")
        EXCLUSIVE_PARAMETER("uniformPrior", &uniformPrior)
        EXCLUSIVE_PARAMETER("robustPrior", &robustPrior)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Output")
        LONG_PARAMETER("verbose", &verbose)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Sample Names")
        LONG_STRINGPARAMETER("glfAliases", &glfAliases)
        LONG_PARAMETER_GROUP("Prefixes and Suffixes")
        LONG_STRINGPARAMETER("glfPrefix",&glfPrefix)
        LONG_STRINGPARAMETER("glfSuffix",&glfSuffix)
        END_LONG_PARAMETERS();

    pl.Add(new StringParameter('b', "Base Call File", callfile));
    pl.Add(new DoubleParameter('p', "Posterior Threshold", posterior));
    pl.Add(new LongParameters("Additional Options", longParameters));
    int argstart = pl.ReadWithTrailer(argc, argv) + 1;
    pl.Status();

    if (posterior < 0.50)
        error("Posterior threshold for genotype calls (-p option) must be > 0.50.");

    time_t t;
    time(&t);

    printf("Analysis started on %s\n", ctime(&t));
    fflush(stdout);

    int n = argc - argstart;
    argv += argstart;

    Pedigree ped;
    if (!pedfile.IsEmpty())
    {
        ped.pd.AddStringColumn("glfFile");
        ped.Load(pedfile);

        n = ped.count;
    }
    else
        if (n == 0)
            error("No pedigree file present and no glf files listed at the end of command line\n");

    // Prior for finding difference from the reference at a particular site
    //BgzfFileType::setRequireEofBlock(false);

    double prior = 0.0;
    for (int i = 1; i <= 2 * n; i++)
        prior += 1.0 / i;
    prior *= 0.001;

    glfHandler * glf = new glfHandler[n];

//.........这里部分代码省略.........
开发者ID:aminzia,项目名称:statgen,代码行数:101,代码来源:Main.cpp


注:本文中的StringHash::Add方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。