本文整理汇总了C++中BamAlignment::SetIsPaired方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：C++ BamAlignment::SetIsPaired方法的具体用法？C++ BamAlignment::SetIsPaired怎么用？C++ BamAlignment::SetIsPaired使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类BamAlignment的用法示例。
在下文中一共展示了BamAlignment::SetIsPaired方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。
示例1: main
int main (int argc, char *argv[]) {
if( (argc== 1) ||
(argc== 2 && string(argv[1]) == "-h") ||
(argc== 2 && string(argv[1]) == "-help") ||
(argc== 2 && string(argv[1]) == "--help") ){
cout<<"Usage:setAsUnpaired [in bam] [outbam]"<<endl<<"this program takes flags all paired sequences as singles"<<endl;
return 1;
}
string bamfiletopen = string(argv[1]);
string bamFileOUT = string(argv[2]);
BamReader reader;
BamWriter writer;
if ( !reader.Open(bamfiletopen) ) {
cerr << "Could not open input BAM files." << endl;
return 1;
}
const SamHeader header = reader.GetHeader();
const RefVector references = reader.GetReferenceData();
if ( !writer.Open(bamFileOUT,header,references) ) {
cerr << "Could not open output BAM file "<<bamFileOUT << endl;
return 1;
}
BamAlignment al;
while ( reader.GetNextAlignment(al) ) {
if(al.IsMapped()){
cerr << "Cannot yet handle mapped reads " << endl;
return 1;
}
al.SetIsPaired (false);
writer.SaveAlignment(al);
} //while al
reader.Close();
writer.Close();
return 0;
}