本文整理匯總了Python中simtk.openmm.app.Topology.loadBondDefinitions方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Topology.loadBondDefinitions方法的具體用法？Python Topology.loadBondDefinitions怎麽用？Python Topology.loadBondDefinitions使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類simtk.openmm.app.Topology的用法示例。
在下文中一共展示了Topology.loadBondDefinitions方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: unloadStandardBonds
# 需要導入模塊: from simtk.openmm.app import Topology [as 別名]
# 或者: from simtk.openmm.app.Topology import loadBondDefinitions [as 別名]
# coding=utf-8
"""Pre-configured OpenMM Topology object for use with the default protons forcefield."""
from simtk.openmm.app import Topology
import os
PACKAGE_ROOT = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
# Patch topology to unload standard bond definitions
def unloadStandardBonds(cls):
"""
Resets _standardBonds and _hasLoadedStandardBonds to original state.
"""
cls._hasLoadedStandardBonds = False
cls._standardBonds = dict()
Topology.unloadStandardBonds = classmethod(unloadStandardBonds)
Topology.unloadStandardBonds()
Topology.loadBondDefinitions(
os.path.join(PACKAGE_ROOT, "data", "bonds-amber10-constph.xml")
)