本文整理匯總了Python中pymatgen.core.structure.IMolecule類的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python IMolecule類的具體用法？Python IMolecule怎麽用？Python IMolecule使用的例子？那麽, 這裏精選的類代碼示例或許可以為您提供幫助。
在下文中一共展示了IMolecule類的4個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: test_to_from_dict
def test_to_from_dict(self):
d = self.mol.to_dict
mol2 = IMolecule.from_dict(d)
self.assertEqual(type(mol2), IMolecule)
propertied_mol = Molecule(
["C", "H", "H", "H", "H"], self.coords, charge=1, site_properties={"magmom": [0.5, -0.5, 1, 2, 3]}
)
d = propertied_mol.to_dict
self.assertEqual(d["sites"][0]["properties"]["magmom"], 0.5)
mol = Molecule.from_dict(d)
self.assertEqual(propertied_mol, mol)
self.assertEqual(mol[0].magmom, 0.5)
self.assertEqual(mol.formula, "H4 C1")
self.assertEqual(mol.charge, 1)示例2: test_to_from_file_string
def test_to_from_file_string(self):
for fmt in ["xyz", "json", "g03", "yaml"]:
s = self.mol.to(fmt=fmt)
self.assertIsNotNone(s)
m = IMolecule.from_str(s, fmt=fmt)
self.assertEqual(m, self.mol)
self.assertIsInstance(m, IMolecule)
self.mol.to(filename="CH4_testing.xyz")
self.assertTrue(os.path.exists("CH4_testing.xyz"))
os.remove("CH4_testing.xyz")
self.mol.to(filename="CH4_testing.yaml")
self.assertTrue(os.path.exists("CH4_testing.yaml"))
mol = Molecule.from_file("CH4_testing.yaml")
self.assertEqual(self.mol, mol)
os.remove("CH4_testing.yaml")示例3: test_get_centered_molecule
def test_get_centered_molecule(self):
mol = IMolecule(["O"] * 2, [[0, 0, 0], [0, 0, 1.2]],
spin_multiplicity=3)
centered = mol.get_centered_molecule()
self.assertArrayAlmostEqual(centered.center_of_mass, [0, 0, 0])示例4: test_to_from_dict
def test_to_from_dict(self):
d = self.mol.to_dict
mol2 = IMolecule.from_dict(d)
self.assertEqual(type(mol2), IMolecule)