本文整理匯總了Python中Biskit.Executor.run方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Executor.run方法的具體用法？Python Executor.run怎麽用？Python Executor.run使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類Biskit.Executor的用法示例。
在下文中一共展示了Executor.run方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: parm2pdb
# 需要導入模塊: from Biskit import Executor [as 別名]
# 或者: from Biskit.Executor import run [as 別名]
def parm2pdb( self, f_parm, f_crd, f_out, aatm=0 ):
"""
Use ambpdb to build PDB from parm and crd.
@param f_parm: existing parm file
@type f_parm: str
@param f_crd: existing crd file
@type f_crd: str
@param f_out: target file name for PDB
@type f_out: str
@return: f_out, target file name for PDB
@rtype: str
@raise AmberError: if ambpdb fail
"""
## cmd = '%s -p %s -aatm < %s > %s' % \
args = '-p %s %s' % (f_parm, '-aatm'*aatm )
x = Executor('ambpdb', args, f_in=f_crd, f_out=f_out,
log=self.log, verbose=1, catch_err=1)
output,error,status = x.run()
if not os.path.exists( f_out ):
raise AmberError, 'ambpdb failed.'
return f_out