本文整理匯總了Python中Bio.Compass._Scanner方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Compass._Scanner方法的具體用法？Python Compass._Scanner怎麽用？Python Compass._Scanner使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類Bio.Compass的用法示例。
在下文中一共展示了Compass._Scanner方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: testCompassScanAndConsume
# 需要導入模塊: from Bio import Compass [as 別名]
# 或者: from Bio.Compass import _Scanner [as 別名]
def testCompassScanAndConsume(self):
cons = Compass._Consumer()
scan = Compass._Scanner()
scan.feed(open(self.test_files[0]), cons)
com_record = cons.data
self.assertEquals("60456.blo.gz.aln", com_record.query)
self.assertEquals("60456.blo.gz.aln", com_record.hit)
self.assertEquals(0.5, com_record.gap_threshold)
self.assertEquals(388, com_record.query_length)
self.assertEquals(386, com_record.query_filtered_length)
self.assertEquals(388, com_record.hit_length)
self.assertEquals(386, com_record.hit_filtered_length)
self.assertEquals(399, com_record.query_nseqs)
self.assertEquals(12.972, com_record.query_neffseqs)
self.assertEquals(399, com_record.hit_nseqs)
self.assertEquals(12.972, com_record.hit_neffseqs)
self.assertEquals(2759, com_record.sw_score)
self.assertEquals(float("0.00e+00"), com_record.evalue)