本文整理匯總了Python中Function.align方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題：Python Function.align方法的具體用法？Python Function.align怎麽用？Python Function.align使用的例子？那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在類Function的用法示例。
在下文中一共展示了Function.align方法的1個代碼示例，這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚，您的評價將有助於係統推薦出更棒的Python代碼示例。
示例1: _sim_matrix
# 需要導入模塊: import Function [as 別名]
# 或者: from Function import align [as 別名]
def _sim_matrix(self, algts, D, gap):
"""
@summary: Calculates the similarity matrix for the set of alignments
@param algts: A list of alignments
@type algts: ListType
@param D: Retention time tolerance parameter for pairwise alignments
@type D: FloatType
@param gap: Gap parameter for pairwise alignments
@type gap: FloatType
@author: Woon Wai Keen
@author: Vladimir Likic
"""
n = len(algts)
total_n = n * (n - 1) / 2
print " Calculating pairwise alignments for %d alignments (D=%.2f, gap=%.2f)" % \
(n, D, gap)
sim_matrix = numpy.zeros((n,n), dtype='f')
for i in range(n - 1):
for j in range(i + 1, n):
ma = Function.align(algts[i], algts[j], D, gap)
sim_matrix[i,j] = sim_matrix[j,i] = ma.similarity
total_n = total_n - 1
print " -> %d pairs remaining" % total_n
return sim_matrix