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Golang SimpleStream.Init方法代碼示例

本文整理匯總了Golang中github.com/abeconnelly/simplestream.SimpleStream.Init方法的典型用法代碼示例。如果您正苦於以下問題:Golang SimpleStream.Init方法的具體用法?Golang SimpleStream.Init怎麽用?Golang SimpleStream.Init使用的例子?那麽, 這裏精選的方法代碼示例或許可以為您提供幫助。您也可以進一步了解該方法所在github.com/abeconnelly/simplestream.SimpleStream的用法示例。


在下文中一共展示了SimpleStream.Init方法的2個代碼示例,這些例子默認根據受歡迎程度排序。您可以為喜歡或者感覺有用的代碼點讚,您的評價將有助於係統推薦出更棒的Golang代碼示例。

示例1: _main

func _main(c *cli.Context) {

	if c.String("input") == "" {
		fmt.Fprintf(os.Stderr, "Input required, exiting\n")
		cli.ShowAppHelp(c)
		os.Exit(1)
	}

	gff_ain, err := autoio.OpenReadScannerSimple(c.String("input"))
	_ = gff_ain
	if err != nil {
		fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", err)
		os.Exit(1)
	}
	defer gff_ain.Close()

	ref_ain := simplestream.SimpleStream{}
	ref_fp := os.Stdin
	if c.String("ref-input") != "-" {
		var e error
		ref_fp, e = os.Open(c.String("ref-input"))
		if e != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", err)
			os.Exit(1)
		}
		defer ref_fp.Close()
	}
	ref_ain.Init(ref_fp)

	var ref_start int64
	ref_start = 0
	ss := c.Int("ref-start")
	if ss > 0 {
		ref_start = int64(ss)
	}

	var seq_start int64
	seq_start = 0
	_ = seq_start
	ss = c.Int("seq-start")
	if ss > 0 {
		seq_start = int64(ss)
	}

	aout := os.Stdout
	if c.String("output") != "-" {
		aout, err = os.Open(c.String("output"))
		if err != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", err)
			os.Exit(1)
		}
		defer aout.Close()
	}

	if c.Bool("pprof") {
		gProfileFlag = true
		gProfileFile = c.String("pprof-file")
	}

	if c.Bool("mprof") {
		gMemProfileFlag = true
		gMemProfileFile = c.String("mprof-file")
	}

	gVerboseFlag = c.Bool("Verbose")

	if c.Int("max-procs") > 0 {
		runtime.GOMAXPROCS(c.Int("max-procs"))
	}

	allele := c.Int("allele")

	if gProfileFlag {
		prof_f, err := os.Create(gProfileFile)
		if err != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "Could not open profile file %s: %v\n", gProfileFile, err)
			os.Exit(2)
		}

		pprof.StartCPUProfile(prof_f)
		defer pprof.StopCPUProfile()
	}

	e := convert(&gff_ain, &ref_ain, aout, ref_start, allele)
	if e != nil && e != io.EOF {
		panic(e)
	}

	aout.Sync()

}
開發者ID:abeconnelly,項目名稱:pasta,代碼行數:91,代碼來源:gff2pasta.go

示例2: _main

func _main(c *cli.Context) {
	var err error

	if c.String("input") == "" {
		fmt.Fprintf(os.Stderr, "Input required, exiting\n")
		cli.ShowAppHelp(c)
		os.Exit(1)
	}

	pasta_ain := simplestream.SimpleStream{}
	pasta_fp := os.Stdin
	if len(c.String("input")) > 0 && c.String("input") != "-" {
		var e error
		pasta_fp, e = os.Open(c.String("input"))
		if e != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", e)
			os.Exit(1)
		}
		defer pasta_fp.Close()
	}
	pasta_ain.Init(pasta_fp)

	aout := os.Stdout
	if c.String("output") != "-" {
		aout, err = os.Open(c.String("output"))
		if err != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", err)
			os.Exit(1)
		}
		defer aout.Close()
	}

	/*
	  aout := os.Stdout
	  if err!=nil {
	    fmt.Fprintf(os.Stderr, "%v", err)
	    os.Exit(1)
	  }
	*/

	if c.Bool("pprof") {
		gProfileFlag = true
		gProfileFile = c.String("pprof-file")
	}

	if c.Bool("mprof") {
		gMemProfileFlag = true
		gMemProfileFile = c.String("mprof-file")
	}

	gVerboseFlag = c.Bool("Verbose")

	if c.Int("max-procs") > 0 {
		runtime.GOMAXPROCS(c.Int("max-procs"))
	}

	if gProfileFlag {
		prof_f, err := os.Create(gProfileFile)
		if err != nil {
			fmt.Fprintf(os.Stderr, "Could not open profile file %s: %v\n", gProfileFile, err)
			os.Exit(2)
		}

		pprof.StartCPUProfile(prof_f)
		defer pprof.StopCPUProfile()
	}

	convert(&pasta_ain, aout)

}
開發者ID:abeconnelly,項目名稱:pasta,代碼行數:70,代碼來源:pasta2fasta.go


注:本文中的github.com/abeconnelly/simplestream.SimpleStream.Init方法示例由純淨天空整理自Github/MSDocs等開源代碼及文檔管理平台,相關代碼片段篩選自各路編程大神貢獻的開源項目,源碼版權歸原作者所有,傳播和使用請參考對應項目的License;未經允許,請勿轉載。